労働基準監督署の役割と行っている調査の実態はあまり知られていませんが、労働基準法という法律違反に対して指導監督する役割と権限を持っています。
この法律をきちんと遵守している企業なら労働基準監督署の調査とは無縁でしょうが、少しでも違反の事実がある企業にとっては、空恐ろしいものではないでしょうか。

特に近年、労働基準監督署は未払い賃金、サービス残業に対して力を入れているようで、調査によって是正勧告を受ける企業は増えています。

調査ではまずは３６協定があるのか、タイムカードの打刻とパソコンのログイン時間操作記録と照らし合わせ矛盾がないか、各種手当が不当に除外されていないか、などを綿密に調べます。
それこそ電卓をたたいて計算すら行うのです。
そもそも労働基準監督署が事前連絡もなしに調査にやってきたということは申告監督にやってきた可能性が高いです。
申告監督とは従業員からの申告による調査ですので、監督官は何かしら法律違反の実態や証拠をつかんでやってくるわけです。
ですので言い逃れや誤魔化しは一切通用しないと考えましょう。
監督官がやってきた、経営者に出来ることはただ一つ。
監督官の指示に従い、指示された書類を渡す事です。
いいですか、ここで反抗的な態度を取ったり書類を出し渋ったりしては絶対にいけませんよ。
労働基準監督署の監督官を甘く見てはいけません。
労働基準監督署の監督官には、法律で立ち入り調査をする権限の他にも法律違反に関して刑事訴訟法に規定する司法警察官としての職務を担っているのです。
つまり、最悪、逮捕する権限すら持っているという事です。
余程悪質な場合を除き、即逮捕ということはあり得ませんが、それだけの権限を持ってる監督官には逆らわない事が賢明なのです。